In dieser Phase des Krieges mußte sich nun der neue Kaiser Ferdinand III. mit den militärischen Hauptgegnern Frankreich und Schweden auseinandersetzen. Hegte er zu Beginn seiner Regentschaft noch die Hoffnung, den Krieg mit einer vergrößerten Reichsarmee gewinnen zu können, so mußte er spätestens seit 1640, als die spanische Unterstützung immer spärlicher wurde, einsehen, daß ein Frieden ohne Konzessionen an seine Gegner unmöglich sein würde. Während der Friedensverhandlungen verdichtete sich diese Einsicht weiter. Nach einer verheerenden Niederlage der kaiserlichen Truppen gegen ein schwedisches Heer in der Schlacht bei Jankau (März 1645) verdüstert sich die Stimmung des Kaisers weiter: In einer Geheiminstruktion an seinen Chefunterhändler Trauttmansdorff vom Oktober 1645 ist er zu äußerst weitreichenden Zugeständnissen bereit, erkennt er doch die "wachsende feindtliche und entgegen abnemende nur meiner [...] waffen und khrefte, [...] daß algemeine seifzen nach dem friden und auß disem allem die notwendikheit desselben." Ferdinand III. hofft auf einen Zusammenschluß der Reichsstände mit ihm "allß dem haubt und vater", damit die "disconcertirte harmonia imperii wider zusammen gestimmet" werde.