Das vermutlich um 1260/70 gegründete Kloster der Franziskaner-Minoriten in Münster war das älteste und bedeutendste Bettelordenskloster der Stadt. Es erfüllte – wie die übrigen um 1610/20 gegründeten Klöster der Franziskaner-Observanten und Kapuziner – vor allem seelsorgerische Aufgaben.
Durch den Reichsdeputationshauptschluss besaß der preußische Staat die Verfügungsgewalt über die Klöster im ehemaligen Fürstbistum Münster. Zwar wurden die Klöster der Bettelorden mit Rücksicht auf deren Seelsorge zunächst nicht aufgelöst, doch verlegte die preußische Regierung den Konvent 1804 in das Dominikanerkloster und verbot 1805 die Aufnahme von Novizen. Der Restkonvent wurde 1811, mit der zweiten, radikalen Säkularisationswelle unter französischer Herrschaft aufgelöst.
Während man das Klostergebäude als Kaserne einrichtete, im langen Mönchschor der Kirche Stockwerke einzog und Wohnungen für verheiratete Unteroffiziere einrichtete (um 1817/1822 wieder entfernt), bestimmte der preußische König die Kirche zur Nutzung für die zugewanderten preußischen Beamten, die vor allem lutherischer und reformierter Konfession waren. Damit wurde eine „Simultankirche“ gegründet, die bis 1817 dauerte – bis beide evangelischen Konfessionen in Preußen zu einer Union zusammengefasst wurden.