Dem jungen, 1795 zum Priester geweihten Kaufmannssohn aus Warburg befriedigte das Leben als Mönch nicht. Sein wissenschaftliches Interesse richtete sich auf die moderne Theologie des süddeutschen Theologen Johann Michael Sailer, der das „nützliche“, dem innerweltlichen Wohl des Christenmenschen, seines „Nächsten“ und der Gesellschaft auch aus einer verinnerlichten Frömmigkeit zu speisen suchte. Dem 38 Mönche starken Benediktinerkloster Marienmünster (1802) waren damals 21 Seelsorgestellen anvertraut. Van Eß versuchte allerdings vergeblich, moderne Inhalte und Methoden seinen Mitbrüdern zu vermitteln. Als Seelsorger und Missionar im reformierten Schwalenberg (seit 1799) hatte er einen eigenen Bezirk – mit allerdings nur 120 Personen – zu betreuen.
Die Säkularisation sah er als Chance zur Modernisierung, zur Abschaffung des Chordienstes und Schaffung einer Fortbildungsanstalt für Pfarrer: Neben die drei Gelübde des Gehorsams, der Armut (das heißt einer gemeinsamen Güterverwaltung) und des Zölibats forderte er 1802 als viertes Gelübde das Versprechen, „als Religionslehrer sich fähig und dem Staate sich nützlich zu machen“.
In Zusammenarbeit mit der evangelischen Freifrau von Oeynhausen zu Grevenburg und dem für dessen Pfarrbezirk zuständigen Geistlichen förderte er die Gründung einer katholischen Schule, für die eine Schulkaplanei und ein Gebäude errichtet werden sollten. Das überkonfessionelle Bemühen um das Wohl der Pfarrkinder, um ihre Bildung und auch die sowohl von Sailer wie dem pietistischen Freundeskreis der Freifrau hochgeschätzte Lektüre des Bibeltextes, die von der Kirche bis dahin überwiegend kritisch gesehen wurde, veranlasste ihn zu einer Bibelübersetzung, die zwischen 1807 und 1824 in drei Schritten erschien und große Verbreitung fand. Auch als Professor für Theologie in Marburg und katholischer Pfarrer an der dortigen Elisabethkirche (1812-1822) bemühte er sich um einen Abbau der konfessionellen Schranken.