In der Reformationszeit blieb das Stift Fröndenberg zunächst als zwei-, seit 1688 sogar als dreikonfessionelles Stift bestehen, es wurde nicht aufgehoben. Fröndenberg war eine Institution des kurkölnischen und westfälischen Adels.
Zwischen 1225 und 1230 wurde Fröndenberg als Frauenkloster gegründet und bald vom Kölner Erzbischof Heinrich von Molenark dem Zisterzienserorden unterstellt. Die Klosterkirche diente von 1293 bis 1391 auch als Begräbnisstätte der regierenden Grafen von der Mark. Im Spätmittelalter wandelte sich die Kommunität langsam zu einem freiweltlichen Stift. In einer Urkunde von 1550 wird sie erstmals als »freies Stift« bezeichnet.
Nach der Reformation bildete sich das Konfessionsbewusstsein erst allmählich heraus; die Übergänge vom alten Glauben zum lutherischen und auch zum reformierten waren lange Zeit fließend. Bis zur Säkularisation zu Beginn des 19. Jahrhunderts lebten hier katholische, lutherische und reformierte Stiftsdamen friedlich neben- und miteinander. Auch die drei Gemeinden teilten sich die Stiftskirche für Messe und Gottesdienst.

Bei der Stiftskirche handelt es sich um einen einschiffigen Bau mit Querhaus, der im 13. Jahrhundert weitgehend abgeschlossen und in späterer Zeit in Teilen verändert und ergänzt wurde. Der Bau aus Ruhrsandstein besitzt über der Vierung einen Dachreiter, ein typisches Merkmal der Zisterzienserarchitektur. Die Ostwand ist mit einem Marienrelief in der Giebelspitze, einer großen Blendrose mit Maßwerkfüllung und der darunter befindlichen Dreifenstergruppe eindrucksvoll gestaltet. Im Inneren werden die fünf Joche von Kreuzrippengewölben bedeckt. Der Bau wird durch eine Empore in zwei Zonen gegliedert. An den Wandflächen des Innenraumes finden sich Reste einer Ausmalung aus dem 14. Jahrhundert. 1776 ließ die katholische Äbtissin Maria Anna von Fürstenberg im Einvernehmen mit mehreren lutherischen Stiftsdamen den Altaraufsatz anfertigen, der heute noch in der Kirche zu sehen ist. Um den preußischen Adler auf dem Altar und um das Altarbild, eine Kreuzigungsdarstellung, gab es Auseinandersetzungen zwischen den Stiftsdamen, die erst durch einen vom preußischen König vorgeschlagenen Vergleich geschlichtet werden konnten: Der Altaraufsatz sollte bleiben, aber das Bild während des reformierten Gottesdienstes durch einen Vorhang verdeckt werden.