Vorher mussten jedoch die Agrarverwaltungen in allen Mitgliedsstaaten die Verordnung in nationales Recht umsetzen und die Landwirte veranlassen, entsprechende Förderanträge mit eindeutigem Flächenbezug zu stellen. In der Bundesrepublik Deutschland kam als besonderes Erschwernis bei der Umsetzung der Gemeinsamen Agrarpolitik die Tatsache hinzu, dass verfassungsgemäß das Ressort Landwirtschaft Ländersache ist. Somit galt es, neben dem entsprechenden Referat im Bundesministerium in allen 16 Bundesländern gesonderte EU-Zahlstellen sowie Referate zur Umsetzung des InVeKoS einzurichten. In Nordrhein-Westfalen wurden mit dem Verwaltungsvollzug und den Vor-Ort-Kontrollen die beiden Landwirtschaftskammern der Landesteile Rheinland und Westfalen beauftragt. So wurde nicht nur in 16 Ländern teilweise unabhängig der Weg zur besten Umsetzung des InVeKoS gesucht, sondern auch in Westfalen eine andere Datenbanklösung aufgebaut als im kleineren Rheinland, welches mit einem einfacheren Ansatz auskommen konnte. Dementsprechend ist nach 1992 auch die arbeitskraftsparende Fernerkundung je nach Bundesland zeitlich versetzt eingeführt worden. Im Bereich der damaligen Landwirtschaftskammer Westfalen ist die Satellitenfernerkundung im Jahr 1996 beschlossen worden und konnte im darauffolgenden Jahr 1997 erstmalig realisiert werden.
Der Ablauf einer InVeKoS-Kampagne beginnt bereits im September des Vorjahres mit einer Risikoanalyse der Betriebe und der darauf basierenden Festlegung von so genannten Kontrollzonen. In Westfalen sind das, der Fläche und der Anzahl der Betriebe entsprechend zwei Kontrollzonen von je bis zu 50 km Durchmesser. Diese Kontrollzonen werden bei der Gemeinsamen Forschungsstelle Ispra der Europäischen Kommission angemeldet und nach technischer Prüfung zur Aufnahmeprogrammierung an die beauftragten Satellitenbetreiber im November weitergemeldet. Zeitgleich erfolgt eine europaweite Ausschreibung der standardisierten Durchführung der Auswertung der Luft- und Satellitenbilder für die Agrarkontrolle des laufenden Antragsjahres. Die Verwaltung bereitet aktualisierte Auszüge der Antragsflächen des Vorjahres betriebsbezogen vor, damit ca. im Februar jeder Landwirt einen Satz Antragsformulare mit Erläuterungen und Luftbildauszügen DIN A3 seines Betriebes erhält. In den Listen des Flächennutzungsnachweises sind bereits die Flächenidentifizierungen, Feldblöcke und Flächengrößen nach den Vorjahresergebnissen vorgetragen. Zusätzlich mit den Feldblockgrenzen, Sperrflächen und Landschaftselementen als Überdruck in den Digitalen Orthophotos (DOP) im Maßstab 1:5.000 erhält jeder Landwirt verlässliche Grundlagen, die ihm eine möglichst arbeitssparende und korrekte Antragstellung ermöglichen. Spätester Abgabetermin der Antragsunterlagen ist jeweils der 15. Mai, wobei bei früherer Abgabe die Kammeraußenstellen auch beratend zur Verfügung stehen.
Während der Antragsperiode schließt die Verwaltung bis spätestens Mitte März einen Dienstleistungsvertrag mit einem spezialisierten Fernerkundungsunternehmen, das dann die Vorbereitungen für die Antragsbewertung beginnt. Dazu gehörten nicht nur die Planung und Beauftragung einer aktuellen Color-Infrarot-Befliegung der Kontrollzonen, sondern auch der Kontakt zu den betroffenen Verwaltungen, um Datenaustauschformate zu testen, Digitale Geländemodelle, Daten der Automatisierten Liegenschaftskarte (ALK) und soweit vorhanden Dauerpasspunkte sowie die Antragsdaten des Vorjahres. Sobald dann beim Dienstleistungsunternehmen die als Orthophotos verarbeiteten Luftbilder und Satellitenaufnahmen geokodiert vorliegen, werden die Antragsunterlagen jedes Landwirts Schlag für Schlag geprüft. Zwar stehen den Bearbeitern dafür die Ergebnisse einer automatischen Vorklassifikation auf dem Bildschirm zur Verfügung, mit der jedoch die Vielfalt der nutzungsgebundenen Ausprägungen der Feldfrüchte nicht vollständig zugeordnet werden können, so dass die schlagweise Prüfung der Antragsangaben eine arbeitsintensive mehrstufige Prozedur erfordert. Dabei werden die beantragte Nutzung oder Stillegung geprüft sowie im Luftbild nachgemessen, ob die beantragte Flächengröße tatsächlich vorhanden ist.