Die evangelische Kirche in Alpen am Niederrhein markiert den Beginn des reformierten Kirchenbaus in Deutschland. 1581 war Alpen protestantisch geworden und Graf Adolf von Neuenahr forderte 1582 den Kölner Erzbischof dazu auf, ebenfalls zum Protestantismus überzutreten. Dieser Schritt drohte die Machtverhältnisse im Reich zu verändern. Daher besetzten 1586 die Spanier Alpen. Die reformierte Gemeinde war nun der Gegenreformation ausgesetzt. Nach dem Tode des Grafen Adolf und der Vertreibung der Spanier kam 1600 seine Schwester, die Kurfürstin Amalia (1539–1602) als Landesherrin nach Alpen zurück und machte die Gegenreformation rückgängig, sodass die gesamte Bevölkerung Alpens wieder reformiert war. Die Kurfürstin initiierte den Bau einer neuen Kirche. In der Grabkapelle im Osten der Kirche erinnert ein prachtvolles Renaissancegrabmal an sie.

Die zwischen 1602 und 1604 entstandene frühbarocke Saalkirche ist der erste Kirchenbau, der für den auf das Wort ausgerichtete Gottesdienst einer reformierten Gemeinde geschaffen wurde. Die Kanzel dieser Predigtkirche befand sich ursprünglich an der Langseite in der Mitte, damit die Gemeinde den Prediger möglichst von allen Plätzen hören und sehen konnte. Der Wandpfeilerbau geht auf die Entwürfe eines Baumeisters aus der italienischen Architektenfamilie Pasqualini zurück.

Der Kirchenbau und seine Ausstattung wurden bei dem Stadtbrand von 1716 großenteils zerstört. Baumeister Bartolomeo Salla baute die Kirche 1717 bis 1718 unter Verwendung der alten Umfassungsmauern neu auf und verstärkte dabei ihren barocken Charakter.