Die heutige Kirche, ein vollständiger Neubau aus der Zeit um 1390 und nach 1415, ist sicherlich in Zusammenhang mit der Stadtwerdung 1396 zu sehen. Es ist die einzige hochgotische Basilika in Westfalen. Sie war dem Patron der Pilgerreise geweiht: dem Hl. Jakobus. Die relativ bequeme Höhenstraße, die von Dortmund über Breckerfeld nach Köln und Frankfurt führte, war nicht nur Kaufleuten, sondern auch den Jakobspilgern bekannt. Die Jakobuskirche und ihr Hospiz dienten vor allem lokalen Pilgern, die stellvertretend für die große Pilgerreise nach Santiago nur einen Abschnitt des Wegs gingen.

Ein Lettner separierte einst eine kleine Klerikergemeinschaft von Vikaren im Chor – genannt werden Marien-, Andreas- und Nikolausvikarie – von der Laiengemeinde in Querhaus und Kirchenschiff. Die drei Schlusssteine der Querhausgewölbe weisen auf die drei hier aufgestellten Altäre: in der Mitte vor dem Lettner der Jakobusaltar, der Schutzpatron der Pilger, den sich auch die Gilde der Breckerfelder Stahlschmiede zum Schutz gewählt hatte; ein Marien- und ein Nikolausaltar standen vor den Ostwänden der Seitenschiffe mit dem Jakobusaltar in einer Reihe. Das Querhaus war also der Versammlungsort für die Pilger, die an den Altären ihre Messen halten konnten, und könnte somit als eigentliche Jakobus-Pilgerkirche bezeichnet werden. Dies wird dadurch unterstrichen, dass noch 1757 Pilgermuscheln die Schlusssteine rahmten oder an einer Leuchterkette angebracht waren.

Einen weiteren Versammlungsraum hatten vermutlich die Kanoniker über der Sakristei, wo sich einst ein Raum mit weiter Öffnung zum Chor befand. Ihre Aufgabe war neben der »Bedienung« der Altäre auch die Pilgerbetreuung.