Mitglied der deutschen Gesellschaft in Mannheim. Ernennung zum Hofrat. 1786 Philosophischer Ehrendoktor der Universität Heidelberg. 1787 Berufung nach Marburg zum Professor der Staatswissenschaften. 1788/89 Beeinflussung durch Kants Kritik der reinen Vernunft. 1789 erster Kontakt zur Herrnhuter Brüdergemeine in Neuwied. 1790 Tod seiner zweiten Frau und Wiederheirat. 1791 Veröffentlichung von Methode den grauen Star auszuziehen [...]. 1792 Prorektor der Universität Marburg. 1793 Besuch Lavaters in Marburg. Beginn der Beschäftigung mit der Geisterwelt. 1793/94 Intensivierung seiner Beschäftigung mit religiösen und spiritistischen Themen. Anfänge als religiöser Volksschriftsteller. 1797 intensiver theologischer Briefwechsel mit Lavater. 1798 Reise nach Bremen zu Augenoperationen. Besuch bei Johann Ludwig Ewald. 1801 Zunahme der schriftstellerischen und augenärztlichen Tätigkeit sowie seiner Korrespondenz. Audienz bei Karl Friedrich von Baden. Seit 1801 zahlreiche (Patienten-) Reisen in Süddeutschland und ins Ausland (häufige Ziele Elsaß und Straßburg) sowie Aufenthalte in Baden-Baden. 1802 Begegnung mit Karl Friedrich in Karlsruhe. Von diesem 1803 als religiöser Volksschriftsteller nach Karlsruhe berufen. Abschied von Marburg. Aufenthalt in Heidelberg und Arbeit am fünften Teil seiner Lebensgeschichte. 1804 Aufenthalte in Karlsruhe, Herrnhut und Weimar. Kuraufenthalt mit Karl Friedrich in Baden-Baden. Erste Begegnung mit Johann Peter Hebel. 1805 erste Verbindungen nach Rußland. Mit Karl von Hessen Aufenthalt in Wilhelmsbad. Besuche in Straßburg und Karlsruhe. 1806 Besuch bei Pfeffel in Colmar und Saltzmann in Straßburg. Auf Bitte des Großherzogs Umzug ins Karlsruher Schloß. 1807 Umzug der Familie von Heidelberg nach Karlsruhe. 1808 Verleumdungen in französischen Zeitungen. Im April Ernennung zum Geheimen Hofrat in Baden. 1810 Klage über Altersschwäche. Korrespondenz mit Friedrich de la Motte Fouqué. 1812 Rettung aus Geldnot durch die Witwe Frey in Winterthur. 1814 Audienz bei der Zarin in Bruchsal. Unterredung mit Zar Alexander I. im Bruchsaler Schloß. Erhält von der Zarin von Rußland eine jährliche Pension von 300 Gulden und am 10. August vom russischen Fürsten Gallitzin 2000 Gulden zur Schuldentilgung. 1815/16 Beginn der fortschreitenden Entkräftung. Verstarb am 22. März 1817 in Karlsruhe. Über sein Lebensende berichtete u.a. sein Freund Johann Ludwig Ewald.
Stillings literarische Bedeutung gründet sich hauptsächlich auf den ersten Teil seiner Autobiographie. Als Stilling 1774 mit Goethe in Elberfeld zusammentraf, nahm dieser das Manuskript mit, redigierte es und veröffentlichte es 1777 ohne Wissen Stillings als Henrich Stillings Jugend. Eine wahrhafte Geschichte. Die poesievollen Schilderungen der "einfachen Leute", der Siegerländer Bauern, Bergleute, Eisenschmelzer und Schmiede, gefielen durch ihre Schlichtheit und Anspruchslosigkeit. Realistische Einzelbeobachtungen und Naturschilderungen vermitteln das Bild einer in sich ruhenden, von Gott gefügten Welt. Wieland äußerte über die ausgewogene Komposition der Jugend: der Inhalt thut mir vor lauter Wohlwollen wehe. Johann Georg Hamann lobte die heilige Einfalt des Werkes.