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Das Naturkundemuseum wurde 1892 gegründet. Auf einer Fläche von rund 4.200 Quadratmetern werden verschiedene Sonder- und Dauerausstellungen gezeigt. Der 3.500 Quadratmeter große Museumshof bietet zahlreiche Attraktionen. Über einfache Zugänge kann das Museum erforscht werden. Verweilen in den Ausstellungen, um die unaufdringlich eingefügten Kunstobjekte genauer zu betrachten, ist erwünscht. Kleine, interne Kinos verdeutlichen den Inhalt der jeweiligen Ausstellungen.
Einzigartige Objekte befinden sich im Münsteraner Naturkundemuseum. Der weltweit größte Ammonit mit 1,80 Meter im Durchmesser steht frei zugänglich im Foyer des Museums. Er wurde von der Paläontologischen Gesellschaft zum Fossil des Jahres 2008 ernannt. Als einziges Museum in Deutschland wird hier das "Porträt der Milchstraße" von Jon Lomberg als hinterleuchtetes, 12 Quadratmeter großes Bild gezeigt.
Für Erwachsenengruppen bietet das Museum – nach Anmeldung – Führungen durch die Ausstellungen an. Schulklassen und Vorschulkinder werden von den Museumspädagogen altersgerecht in den abwechslungsreichen museumspädagogischen Programmen betreut.