Mittelpunkt der Anlage war die gotische Kirche, erbaut zwischen 1460 und 1470. Im Chor hielten um 1740 rund 24 Priestermönche das Chorgebet und feierten an dem um 1689/92 barock erneuerten Hochaltar und an den in den Nischen des Langhauses stehenden Seitenaltären Messen. Ein Lettner trennte den Chor vom Langhaus, in dem die Laien – ursprünglich bis zu 100 Laienbrüder – den Gottesdiensten folgen konnten. Im 18. Jahrhundert kamen die Lohnarbeiter und Bediensteten des Klosters mit ihren Familien hinzu, insgesamt wohl bis zu 180 Personen.

1676/77 hatte der bedeutende Orgelbauer Gottfried Bader eine große Orgel geliefert, die etwa 1735 von Johann Patroklus Möller aus Lippstadt nur noch um ein neues Prospekt und wenige Register ergänzt wurde. Die Dalheimer Orgel kam 1803 in die Stadtkirche nach Borgentreich und gab später – als eine der „berühmtesten Denkmalorgeln Deutsch- lands“ (Roland Pieper) – den Anlass, in Borgentreich ein Orgelmuseum aufzubauen.